昙石山文化遗址位于闽侯县荆溪镇昙石村，是中国东南地区最典型的新石器文化遗存之一，距今4000～5500年，是一座高出江面20米长形山岗。"
福建文明从这里开始……"，以闽江中下游为中心连接闽台两省的昙石山文化是福建古文化的摇篮和先秦闽族的发源地，它的出现，惊现了不为人知的先秦闽族文化，将福建文明史由原来的3000年向远古大大推进了一步。2001年6月22日，国务院将昙石山文化遗址列为第五批文物保护单位。博物馆内展出1954年以来昙石山遗址八次考古发掘的珍贵文物和图片资料，是福建省原始社会昙石山人劳动生息的缩影；黄土文化展览厅，展现奴隶社会先秦闽族精美的仿铜印纹陶器和丰富多彩的历史文化；考古遗址厅，第八次发掘的30余座墓葬、陶窑和壕沟等考古遗迹和文物按原貌展出，让观众有亲临考古现场之感。